单核巨噬细胞具有很强的变形运动能力，能吞噬、消化细菌及机体本身的坏死组织和衰老的红细胞，故有防御病菌和清除坏死组织的作用，它是机体发生急性炎症时的主要反应细胞。细菌毒素和坏死组织的产物能引起炎症反应，这些物质可使中性粒细胞发生超化性，能以变形运动穿出毛细血管，集聚到细菌侵犯的部位，大量吞噬细胞，在胞质内形成吞噬体。
单核巨噬细胞的作用
1.抗感染：非特异性吞噬杀伤多种病原微生物，是机体非特异性免疫防御中的重要细胞。
2.提呈抗原、启动免疫应答：在特异性免疫应答中，绝大多数TD抗原（胸腺依赖抗原）都需经巨噬细胞吞噬和加工处理，并与其表面的MHC分子形成抗原肽-MHC复合物，表达在细胞膜表面，提呈给T细胞。
3.抗肿瘤：巨噬细胞被某些细胞因子如IFN-γ激活后能有效地杀伤肿瘤细胞，是参与免疫监视的重要效应细胞。④免疫调节：在特异性免疫应答中，巨噬细胞可分泌释放多种细胞因子，参与免疫调节。
单核巨噬细胞是个体发育中出现的免疫细胞类群，在器官发生和免疫稳态中起到重要的作用，被认为是由血液中的循环单核细胞进入组织后发育而来，这一观念被写入大多数教科书中。然而，随着技术发展和新的动物模型的建立，这一观念逐渐受到质疑，新的研究显示大多数组织如大脑、表皮、肝脏和肺中的巨噬细胞是由胚胎造血系统产生，在胚胎发育过程中定植到组织中，并且在组织中自我更新和维持。
成体骨髓来源的单核细胞只能发育为一些特定组织如肠道和真皮的巨噬细胞。但是，单核细胞对不同组织巨噬细胞的贡献程度和动态变化依然未被阐明，炎症、肿瘤等复杂环境下单核细胞对组织巨噬细胞的贡献也未被揭示。不同来源组织巨噬细胞在功能上是否存在差异也有待证实。因此，巨噬细胞的来源和更新成为该领域基础和重要的科学问题之一，不仅在基础研究领域有重要意义，在临床应用上也很关键。
