巨噬细胞是参与先天免疫反应并填充多个器官的生态位或区域的骨髓谱系细胞，作为组织发育和体内平衡的辅助细胞，并具有广泛的免疫和非免疫相关组织支持活性。在 C57BL/6 小鼠品系中进行的谱系追踪和命运映射研究表明，组织巨噬细胞群在整个生命中以依赖于巨噬细胞集落刺激因子和CSF1/CSF1R 信号轴的方式发育：这种发育是由卵黄囊中红髓祖细胞 （EMP） 的瞬时造血波产生的吞噬细胞开始的， 然后是EMP来源的胎儿单核细胞根于胎儿肝脏中，最后是来自造血干细胞（HSC）的血液单核细胞谱。
已发现定居在不同组织中的组织驻留巨噬细胞表现出不同的功能和基因表达谱。例如，小胶质细胞是真正的中枢神经系统实质巨噬细胞，在突触调节、突触修剪和神经发生中起重要作用。肺泡巨噬细胞负责表面活性剂清除，这在肺泡间隙中很重要。脂肪巨噬细胞参与调节胰岛素抵抗和适应性产热，缓冲当地所需底物的浓度，如儿茶酚胺、脂质和铁。即使在某个组织中，巨噬细胞群体，特别是组织驻留和募集的巨噬细胞，也具有高度异质性，具有特异性标记表达，如单细胞蛋白质组或转录组（单细胞RNA测序，scRNA-seq），质谱细胞术和表观遗传学研究所揭示的那样。这些发现突出了巨噬细胞的特殊可塑性以及环境生态位与巨噬细胞异质性之间的密切关系，特别是在出生后时期。循环单核细胞被证明在常驻巨噬细胞丢失后以CSF1R依赖性方式募集并占据巨噬细胞池，并且特定组织内单核细胞来源巨噬细胞之间的异质性得到充分认可。然而，尚未报道组织驻留和募集巨噬细胞之间的系统比较。
从机制上讲，巨噬细胞细胞功能和表达谱的异质性取决于精确的转录调控。谱系决定转录因子 （LDTF），例如 PU.1 和 C/EBP，在不同组织的巨噬细胞中普遍表达。巨噬细胞的细胞类型特异性转录因子（TFs），如腹膜巨噬细胞中的GATA6、小胶质细胞中的SALL1和肺巨噬细胞中的PPARg，可以与LDTF协同作用以确定巨噬细胞功能。最近，一项基于466个可用小鼠RNA测序（RNA-seq）数据集的网络聚类的大规模荟萃分析系统地阐明了单核吞噬细胞系统（MPS）细胞的转录图谱，概述了巨噬细胞在转录水平上的TF表达谱。
组学研究提供了一种快速而系统的方法来确定巨噬细胞的整体异质性。来自表观基因组学和转录组学研究的新证据侧重于巨噬细胞异质性，这些证据普遍证明了环境影响对组织驻留巨噬细胞特化的重要性。先前对细胞类型分辨的肝脏，大脑和心脏蛋白质组的研究强调了mRNA与蛋白质分析之间的相关性差，揭示了调节蛋白质合成和降解的转录后过程的重要性。因此，需要对巨噬细胞蛋白质组的异质性进行分析。
蛋白质组学方法系统比较肝脏定居巨噬细胞Kuffer Cells和招募过来的巨噬细胞Liver Recruited Macrophages表达差异对比。基于当前认知，F4/80和CD11b是区分组织驻留和募集巨噬细胞的相对指标。
除了利用蛋白质组学手段研究巨噬细胞，另一个比较常见和广泛使用的手段就体内ClodronateLiposomes清除单核巨噬细胞。ClodronateLiposomes氯膦酸二钠脂质体是清除单核巨噬细胞的利器。相关研究频频见于Cell,Nature和Science。靶点科技本期文献介绍是LIPOSOMA产品，货号CP-005-005，该套装包含5ml清除试剂+5ml对照试剂。ClodronateLiposomes单核巨噬细胞清除套装近年发表于Science杂志的文献。
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