小胶质细胞(Microglia)是神经胶质细胞的一种，相当于脑和脊髓中的巨噬细胞。小胶质细胞是广泛分布于中枢神经系统（CNS）的一类巨噬细胞，属于神经胶质细胞的一种，占整个CNS胶质细胞数量的5%～20%，是CNS极为重要的常驻免疫细胞，即脑部定居的巨噬细胞。除了大家非常熟悉的小胶质巨噬细胞，脑部还有很多部位或则结构来界定的巨噬细胞。即边缘相关巨噬细胞（border-associated macrophages，BAMs）。
* 表征为MHCIIlo的硬膜下巨噬细胞：特异性表达基因Egfl7和LYVE1。同时也富含Maf、Folr2、Igf1、IL-10和Fcgr2b。Fcgr2b是一种激活Fcγ受体的抑制剂，因此暗示该亚群可能有负调控免疫反应的作用。不过小鼠模型显示，LYVE1+ BAMs也存在于实质、脉络丛和硬脑膜的血管周围空间中。
血管周围巨噬细胞是早被发现的非实质脑巨噬细胞亚群。其特异性表征为CD163+、CD206+和LYVE1+。
脉络丛巨噬细胞同样可以凭借MHCIIlo或hi的差异表达被划分为不同亚群。这种差异化表达与巨噬细胞随时间变化而成熟有关。例如，在成年和老年小鼠中，MRc1和LYVE1在脉络丛巨噬细胞中下调，而CD74(MHCII相关基因)和Klra2上调。
* 转录特征：表达SALL1，缺失MRc1；
* 转录程序：与神经退行性疾病相关的小胶质细胞的转录程序部分相同，包括APOE、TREM2和Clec7a的表达。
* 来源：与其他脉络丛巨噬细胞亚群不同，Kolmer氏丛上巨噬细胞是胚胎来源的，并在局部进行自我维持。
