巨噬细胞（macrophage）是广泛分布于几乎全身各组织器官，主要定位于病原体易入侵的首道防线区域：如皮肤、黏膜及免疫反应或者代谢活跃组织器官：如肝、脾、肺。常常它们分为定居/驻留型巨噬细胞（如肝脏库普弗细胞、脑小胶质细胞，皮肤朗格汉斯细胞）和招募/迁移型巨噬细胞：由单核细胞分化而来。
定居/驻留型巨噬细胞在不同组织器官中的巨噬细胞具有独特名称和功能。他们多数在胚胎期形成，可自我更新，不依赖血液单核细胞补充。招募/迁移型巨噬细胞来源于血液中的单核细胞，在炎症或组织损伤时迁移至病变部位，分化为巨噬细胞并参与免疫反应。分布于血液、淋巴系统及炎症组织中，具有较强迁移能力。
定居/驻留型巨噬细胞大多起源于胚胎卵黄囊，是长寿细胞，依赖自我更新。在实验性稳态条件下，研究表明成年小鼠的定居/驻留型巨噬细胞在大多数组织中能够在当地自我更新，且独立于BMDMs。定居/驻留型巨噬细胞的发展、增殖和生存受到来自基质细胞的三个主要因子（CSF1、IL-34和CSF2）的局部和全身控制，这些因子通过两个巨噬细胞受体（CSF1R和CSF2R）发挥作用。CSF1在许多组织中有三种同型体形式。IL-34主要由神经元和角质形成细胞产生。肺上皮细胞产生的CSF2是肺泡巨噬细胞（AM）生存所必需的。招募/迁移型巨噬细胞的寿命较短。在实验性应激条件下，炎症过程导致大量的炎症性单核细胞进入组织，但这并不意味着招募/迁移型巨噬细胞能自动替代定居/驻留型巨噬细胞。在一些实验模型中，尽管BMDMs取代了定居/驻留型，但通过本地增殖的定居/驻留型巨噬细胞也已被观察到恢复。移植研究显示，供体的定居/驻留型巨噬细胞可以在其所在的器官中长时间存活。
巨噬细胞高度异质。无论形态还是功能。分群，亚群，分型，亚型和功能分类，部位相关等都需要借助巨噬细胞表面的Marker，位置和功能来界定。因此，有客观，也有主观等因素来定义。巨噬细胞本身表达一系列能感应生理参数的受体，如pH（见Cell文献）、温度、渗透压、缺氧和压力（见PANS文献），也感应多种代谢物和与凋亡、受损细胞相关的信号以及病原体相关分子模式。定居/驻留型巨噬细胞协助组织重塑，维持组织免疫微环境稳态，有助于维护组织器官的特殊功能。如小鼠腹腔大型腹膜巨噬细胞有助于保护腹膜腔，并支持B细胞的功能，而小鼠腹腔小型腹膜巨噬细胞则源于骨髓并具有促炎症性。Kupffer细胞在肝脏中清除衰老或受损的红血细胞，并在铁代谢中发挥重要作用。肺泡巨噬细胞位于肺泡的上皮表面，并通过吞噬细菌和颗粒物以及清除和降解肺表面活性剂来维持气道的完整性。肾常驻巨噬细胞位于围小管毛细血管的非腔侧，持续监测内皮运输并清除进入肾间质的免疫复合物和颗粒。
