100多年前，俄罗斯科学家Ilya Metchnikoff描述巨噬细胞和它的吞噬作用的时候，估计他也没想到巨噬细胞的作用其实是如此之多。它被大家所熟悉的功能就是作为机体抵御外来物质入侵的门户固有免疫防线，如细菌、真菌和病毒的入侵。但是其实它在其他生理活动中也扮演着更加重要的角色。
巨噬细胞有着不同的来源和功能，在不同环境的刺激下巨噬细胞能改变其表型从而行使不同的功能。研究者们尝试通过不同方面，如功能、来源，对巨噬细胞进行分类，目前比较常用的是按照表型功能进行分类。在不同的炎症状态下，巨噬细胞可以分化成M1和M2状态。通过IFN-γ激活的M1巨噬细胞和通过IL-4激活的M2巨噬细胞除了有介导验证的作用以外，M1巨噬细胞还兼顾清除外来病原体的作用，而M2巨噬细胞还有对组织的损伤修复作用，对维持组织稳态有着十分重要的作用。然而，巨噬细胞并不是个完*全的“大好人"，研究发现，巨噬细胞也会促进一些疾病的发生，例如自身免疫紊乱、纤维化，在一些特定种类的肿瘤下，巨噬细胞也会促进肿瘤的生长（TAM）。
巨噬细胞既具有保护功能，又具有致病功能，根据其组织位置和功能特性可分为亚型。成熟的巨噬细胞存在于组织中，通过感知组织损伤或感染来促进免疫监视。通过TLR激活的巨噬细胞分化为“经典激活"的巨噬细胞（也称为M1巨噬细胞），并产生包括TNF和IL-1在内的炎性细胞因子。在移植过程中，巨噬细胞的活化初是由于缺血和再灌注引起的组织损伤而引起的，并可能导致早期移植物的损伤。或者，活化的巨噬细胞（也称为M2巨噬细胞）通过暴露于细胞因子IL-4来诱导。 与传统活化的巨噬细胞相比，促炎作用较小，并且在某些情况下会产生下调炎症免疫反应的微环境。的确，活化的巨噬细胞可以抑制古典活化的巨噬细胞产生促炎细胞因子。另外，活化的巨噬细胞通过产生可刺激上皮细胞和成纤维细胞的生长因子，在伤口愈合和组织修复中也起着重要作用。此功能在移植后早期的移植反应中很重要，因为伤口愈合将使组织稳态得以恢复。然而，在反应的后期，组织修复反应可能不太理想，因为已显示它们通过引起同种异体移植物中血管的阻塞而导致了同种异体移植失败的延迟，这一过程称为移植性动脉硬化或与移植相关的血管病。
巨噬细胞位于淋巴结构中，可与淋巴细胞相互作用，因此有可能影响彼此的功能活动。 Treg细胞与巨噬细胞的相互作用可导致巨噬细胞获得交替激活或调节的巨噬细胞的特性。尽管巨噬细胞与B1型B细胞的相互作用会导致形成调节性巨噬细胞群，从而导致炎症细胞因子水平降低和IL-10水平升高。因此，巨噬细胞可以影响适应性免疫应答的特征，并且它们也可以改变其免疫功能。免疫应答过程中与其他调节免疫细胞群体相互作用的结果。
