iNOS和精氨酸酶1
巨噬细胞（至少在小鼠细胞中）经典激活型和替代活化型的标志物分别为iNOS和Arg1。iNOS是一种酶，可催化L-精氨酸的NADPH依赖性氧化反应生成L-瓜氨酸和一氧化氮（NO）。一氧化氮是细胞毒性和其他生理功能（例如，血管舒张）的重要介质。iNOS在巨噬细胞中不是组成型表达，其存在能表明此前用促炎细胞因子（如IL-1、TNF-α或IFN-γ）刺激的结果。
Arg1酶将L-精氨酸转化为尿素和L-鸟氨酸。通过降解精氨酸，Arg1占据了iNOS的底物，并且下调一氧化氮生成。IL-4和IL-13强烈诱导巨噬细胞表达Arg1，而不是由抗炎细胞因子（如IL-10或TGF-b）诱导。与iNOS表达相反，在多个组织巨噬细胞群中发现Arg1有表达。例如，大多数小鼠大腹膜巨噬细胞（F4/80 高巨噬细胞）在稳态下呈Arg1阳性。Arg1不应被视为M2极化的*特异性标记，尤其是分析原代未培养细胞时。
甘露糖受体（CD206）
巨噬细胞甘露糖受体，称为CD206或甘露糖受体C类型1（MRC1），介导真菌、细菌、原生动物和病毒抗原的吞噬和内吞摄取，并且在免疫防御及其调节中发挥重要作用。甘露糖受体是替代活化巨噬细胞的原始识别标志物。与Arg1相反，CD206广泛地在替代活化型巨噬细胞中表达，包括用IL-10或糖皮质激素处理的耐受性细胞。有趣的是，TGF-b被证明可以下调CD206的表达。抑制这种受体表达的其他因素包括LPS、IFN-γ和TNF-α。与Arg1相似，CD206组成型表达地表达于多种类型的组织巨噬细胞中，尽管它与Arg1的表达模式不*重叠。
RELM-a（FIZZ1）
RELM-a，也称为抵抗素样α或FIZZ1，是一种由IL-4和IL-13强烈诱导的小细胞因子，参与抵抗寄生虫感染的反应。与Arg1相似，糖皮质激素和IL-10不能诱导RELM-a。尽管如此，这两种常用的M2活化标志物的在体内表达的模式非常不同。例如，在没有刺激的情况下，大多数小腹膜巨噬细胞（F4/80 lo）和少数大腹膜巨噬细胞（F4/80 hi）表达RELM-a。
CD163
CD163为触珠蛋白和血红蛋白受体。由于CD163的主要功能是促进铁的再循环过程，因此在脾红髓巨噬细胞中可以观察到CD163的最高表达。CD163还可以用于检测某些细菌化合物，并且在组织巨噬细胞的其他亚群中表达，包括Kupffer c细胞、肠固有层巨噬细胞和一部分大腹膜巨噬细胞，尽管表达程度较低。与人CD163不同，小鼠CD163不容易由M2极化细胞因子诱导，故不是鼠科动物M2巨噬细胞的良好标志物。相反，其表达似乎表明了组织特异性巨噬细胞功能（例如，血红蛋白再循环）。
